车光铁委员指出，从基层组织架构情况看，税务部门多年前已实行省以下垂直管理，环境监测检查执法省以下垂直管理试点工作也已相继启动，对于市、县两级政府，虽然责任在地方，但环保、税务两个征收管理主体部门的事权、财权都在上层，很多矛盾很难化解，且参与的积极性也会受影响。他建议应进一步明确地方政府职责权限，细化完善分工协作机制建设，自上而下统筹推进联系、协调和配合工作，充分调动基层政府的主动性和能动性；同时，也应建议进一步完善税率动态调整机制建设并明确纳税争议救济机制设置。
云峰委员认为，征收环境保护税不能免除纳税人防治污染、赔偿污染损害的责任和法律、法规规定的其他责任，应当防止一些向环境排放应税污染物的企事业单位和其他生产经营者产生错觉，认为税是取之于民、用之于民，纳税人已经向国家交纳了环境保护税了，企业的污染就应该由国家拿钱来治理，自己就不去积极治理污染，即将环境保护税与合法排污权相区别开。王毅等其他委员也持相似意见。
周天鸿委员提出，由于各地区情况不同，环境保护税税额上浮和应税污染项目的规定，将来还有很大差异，这一方面会导致污染企业向税率低的地区流动，另一方面也不利于税收横向的公平。他认为，应当适当提高税额，加大企业环保费用的支出，淘汰落后产能，倒逼企业运行减污设备、减排污染，减少地区之间的差异，也促进当地政府改变其产业结构。
严以新委员特别指出，中国近18万艘船舶废气污染是一直被忽视的污染源，其严重程度不亚于陆地上的火电厂和机动车，法律中有必要通过征收环保税的方式，倒逼进出我国水域的船舶使用清洁燃油。
李连宁委员指出，目前该法中涉及征收体制、标准项目、国税还是地税的定性方面都存在问题，因为只是简单地把原来的排污费转成了环境保护税：“我们一直在推费改税，但是不是就是简单地把费换一个名称就变成税了？建议很好地总结环境保护税的立法经验，为今后的费改税提供参考。(来源：人民网)
